清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是天地会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至善禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往天地会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了天地会总舵主，并追杀五个孩子……

该片讲述的是，相传在远古时代，天地初开，三界混乱，神、人、妖时互有通婚。天庭并没有掌管人间姻缘的神仙，唯一有姻缘轮回之神力的三生石却被女娲娘娘放在了冥界，年复一年，直到有一天，一个红衣女孩出现，一切都改变了......君住忘川东，我住忘川西，清清忘川水，悠悠照我心。