日本。 伊豆沖を進む賭博船で、襲撃された鉄竜会の組長を救ったのは、若き用心棒・石川五ェ門だった。だが直後に大爆発が起こり船が大破。組長も命を落とす。爆発の原因は斧を武器に使う大男だった。一旦は男を追いつめた五ェ門だったが逃げられてしまう。一方、賭博船から金を奪うことに成功したルパン三世と次元大介、峰不二子は、洋上のボートからその様子を目撃する。 “バミューダの亡霊” ―大男はそう呼ばれていた。かつて戦場で2,000人を殺戮した兵士でコードネームはホーク。なぜそんな男が日本にいるのか公安の銭形警部はホークの足取りを追う。 そして、組長の葬儀の場で、裏切り者の汚名を掛けられた五ェ門も、その屈辱を晴らすためホークを追うのだった。 その頃、ルパンたちは、伊豆山中のアジトで、札束を前に祝杯を挙げていた。そこに突如ホークが現れる！ホークの目的はルパン、次元、不二子の処刑であった。アジトを脱出したルパンたちの車とホークのバイクが激しくチェイス。と、いきなり巨木が倒れかかってくる！ 巨木の上に現れたのは、ホークを仇と追う五ェ門だった。 「助太刀無用！」 そう言い放つ五ェ門。ホークとの死闘が始まる。 だが―‼
16世纪末的日本，明智光秀发动本能寺之变，杀害了离称霸天下只有一步之遥的织田信长，丰臣秀吉（奥田瑛二饰）率兵打败光秀，继而建立丰臣政权，天下得到久违的和平。15年后的和平年代，劫富济贫的大盗石川五右卫门（江口洋介饰）名扬四海，备受穷苦老百姓的喜爱。盛典之夜，五右卫门潜入某富豪家中行窃，结果导致该富豪及其家人被五奉行之一的石田三成杀害。原来五右卫门顺手牵羊偷走了一个藏有惊天秘密的匣子，随后又将其扔掉。次日，得知昨夜详情的五右卫门来到贫民窟寻找匣子，与此同时，石田三成也派出忍者雾隐才藏（大泽隆夫饰）追踪匣子的下落。连番激烈的搏斗旋即展开，而那个惹来腥风血雨的匣子究竟有隐藏着什么秘密呢？
